Vsak sistem reverzne osmoze bo onesnažen in ga je treba očistiti. Ker ob onesnaženju običajno ni le enega onesnaževalca, običajni postopek čiščenja običajno vključuje dva koraka: čiščenje z nizkim pH in čiščenje z visokim pH.
Različna onesnaževala je treba očistiti z različnimi čistilnimi sredstvi. Alkalno čiščenje se uporablja predvsem za odstranjevanje mikroorganizmov ali organskih onesnaževal, kislo čiščenje pa se uporablja predvsem za odstranjevanje vodnega kamna. Čistilno sredstvo je treba izbrati glede na vrsto onesnaževalcev in vrsto membrane, da preprečite poškodbe membrane.
Zaporedje uporabe čistilnih sredstev je treba določiti glede na dejanske težave. Običajno zaporedje čiščenja je najprej spiranje s kislino in nato z alkalijami.
V nekaterih primerih, če je onesnaženje v glavnem organska snov ali mikroorganizmi, se lahko najprej izvede alkalno pranje, ki mu sledi kislinsko pranje in nato alkalno pranje.
Pomemben razlog za uporabo alkalnega pranja kot zadnjega koraka je, da lahko popolnoma odpre membranske pore po luženju, da se obnovi pretok proizvodnje vode.
